潜在危害和显著危害是危害分析的主要内容，也是选择关键控制点的前提条件。所谓的危害是指可引起人类食用不安全的任何生物的、化学的或物理的特性和因素。就HACCP应用而言，危害仅指食品中能够导致人体伤害或损伤的污染和情况。

 

　　食品中出现的杂质（昆虫、头发、污物）、品质缺陷，只要这些缺陷不是直接地影响到食品的安全，一般不属于危害的范畴。日常生活中诸如食品的腐败变质，细菌超标并不一定有危害。而真正的危害是从结果来认定，看看是不是最终造成安全问题，例如：肉毒杆菌食物中毒导致腹泻、呕吐、腹疼，严重时，呼吸道肌肉麻痹并导致死亡等。在危害分析中根据原理可分为潜在危害和显著危害，其中潜在危害的作用在于其分析的充分性，由于在任何食品的加工操作过程中都不可避免地存在一些具体危害，这些危害与所用的原料、操作方法、储存条件及销售方式有关。即使生产同类产品的企业，原料配方、工艺设备、加工方法、加工日期和储存条件有及操作人员的生产经验，知识水平和工作态度等不同，各企业在生产加工过程中存在的危害也是不同的，需要HACCP小组针对实际情况查找潜在危害，由于分析性的思维抑制创造性，HACCP小组成员在受分析性或科学性的培训时，其横向思维和创造性思维有可能受到抑制，再加上小组成员对整个生产过程非常熟悉并形成习惯性认识的情况下，难以对头脑中已有的经验或知识提出质疑，因此为了达到潜在危害充分性的要求，要鼓励小组成员大胆的想象，突破常规思维的局限，寻找的危害是否正确并不重要，但决不放走一个危害，例如：在油炸食品的工艺中，我们可以从食品原料本身的成分中分析，它是否有生物，物理化学的危害，也可以从加工过程中分析是否遭到污染或油炸温度未到规定要求可能会导致病菌残存，或最终产品不经过金探可能会导致物理危害的遗漏等等。但往往会忽视油炸过程中油的反复使用会造成化学危害的问题，因此潜在危害在危害分析中的重点在于不能遗漏危害，因为有可能漏掉的危害恰恰是重要的危害。

 

　　而危害分析过程中的显著危害是HACCP控制的主要问题，因为不控制显著危害必将导致食品安全问题的出现。显著危害的判断是查找潜在危害为基础的，潜在危害的特点是发散而显著危害是潜在危害的集中，具有可能性和严重性的潜在危害构成显著危害。如果潜在危害确实存在，但其不具有危害的严重性，就不能成为显著危害，同样具有严重性的潜在危害不存在，也就不能判断为显著危害，因此唯有同时具备可能性和严重性的潜在危害才能最终判为显著危害。那么如何理解可能性和严重性呢？首先，可能性是指存在、具有的意思。严重性是指消费有该危害的产品后产生后果的严重程度，如后遗症、疾病和伤害的程度和持续时间。在实际的食品加工过程中，由于企业已建立了符合GMP中有关卫生要求的SSOP，所以一般认为与食品接触表面的交叉污染的问题，例如：毛发、苍蝇、冷凝水污染、工器具消毒剂残留等，完全可通过SSOP控制，因此问题存在的可能性不大，也不会造成严重的安全后果。所以这些交叉污染问题基本不成为显著危害。而有些情况，例如：海捕虾仁出现氯霉素超标的情况，表面上看这个问题出现的可能不大，因为海捕虾原料本身不可能带有抗生素，而加工厂中的消毒剂和添加剂经检验也无氯霉素，至于剥虾人员的手如有外伤也按SSOP的要求立即调离岗位，那么问题到底出在哪里呢？根据调查研究，究其原因是虾的甲壳素会对人的手部造成骚痒，因此当剥虾人员用涂抹过含有氯霉素药膏的手操作时就引发了上述的情况。所以，解决此问题SSOP已无能为力，氯霉素作为显著危害就显现无疑了。在显著危害可能性的判断中尤其要注意产品最终用途的问题，例如在鱼产品的加工过程中，某些种类的鱼本身带有寄生虫，如果此类鱼最终用途作为生鱼片使用，那么寄生虫应判为显著危害。反之，此类鱼最终用途作为加热后食用，那么寄生虫不应判为显著危害。

 

　　当然，在判断显著危害的过程中还需要考虑其他一些变化因素，例如：原先我们考虑在鲜榨和部分冷藏饮料，由于这些饮料都是PH<4.6的高酸饮料，一般致病菌不易生长，属低风险产品，但美国现在有报导在高酸的鲜榨饮料中发现致病性大肠杆菌O157：H7导致体质虚弱人群的严重疾病的发生，这是由O157：H7在0.6℃以下，PH<3.5还能生长，因此原先认为高酸饮料中不作为显著危害的情况，需要重新修正。