由于试样中农药含量极低，提取效率的高低直接影响结果的准确性。应根据农药种类、试样类型、试样中脂肪、水分含量和最终测定方法等来选择提取方法和提取溶剂，以便尽可能完全地将农药从试样中提取出来，而尽量少地提取出干扰物质。不同类型样品的提取方法不同，现简要介绍一下。

1.水样目前，水样中农药残留分析的提取方法主要有液液萃取法、固相(柱/膜)萃取法、固相微萃取法等。目前主要方法是根据农药的性质选择使用不同固相萃取小柱富集水样中的农药，经溶剂洗杂质后，再将农药洗脱后测定。

(1)液液萃取法。液液萃取法是利用目标物农药分子在水中和有机相中的分配定律，利用有机溶剂对水样品进行提取农药残留的一种方法。大部分农药的正辛醇-水分配系数(Kow)都较大，也就是脂溶性较强，利用液液萃取能很好地萃取水样中的目标物。液液萃取是经典的提取方法，一般在分液漏斗中进行。一般的液液萃取都是分步萃取的，在水样中加入一些盐类物质(如氯化钠等)或调节水样的pH，能降低目标物的溶解度，从而提高溶液萃取效率。一般非极性强的目标物分子可以用石油醚、正己烷、环已烷、正辛烷等溶剂进行提取；中等极性目标物可以用二氯甲烷等溶剂进行提取；对于一些强极性、强水溶性的农药(某些有机磷农药如甲胺磷和某些氨基甲酸酯类农药)，一般液液萃取是很难达到理想的效果。液液萃取操作时，要注意将过量的气体排出。

液液萃取虽然对大部分的农药目标物提取效率较高，操作也较为简单，在一般的实验室都能实现，但其缺点是消耗溶剂量较大，实验者操作的劳动强度较大。

(2)固相萃取法。固相萃取法(SPE)是指水中农药目标物分子通过吸附剂的吸附作用而得到富集，然后用一定的溶剂将其洗脱下来的过程。固相萃取法同样也可以用于固体/半固体样品制备中的净化过程，但其主要目的是净化作用。

根据吸附剂制备的方式不同，固相萃取法可分为固相柱萃取和固相膜萃取。虽然两种方法略有不同，但原理大致相当。目前，商品化的固相萃取小柱或萃取膜种类较多，如常用于水样中农药残留萃取的吸附剂通常为键合硅胶柱(如LC-C18、LC-C8)。此外，还有一些文献报道的吸附剂，如纳米碳、活性炭、XAD-2等材料做反相吸附剂；正相吸附剂如弗罗里硅土等。

(3)固相微萃取。固相微萃取(solid-phase microextraction，SPME)技术是1989年由加拿大学者提出的。最初研究者将该技术应用于环境化学分析(水、土壤、大气等)，目前已应用于诸多领域。固相微萃取(SPME)的原理与固相萃取不同，固相微萃取不是将待测物全部萃取出来，其原理是建立在待测物在固定相和水相之间达成的平衡分配基础上。它以熔融石英光导纤维或其他材料为基体支持物，采取“相似相溶”的特点，在其表面涂渍不同性质的高分子固定相薄层，通过直接或顶空方式，对待测物进行提取、富集、进样和解析，然后将富集了待测物的纤维直接转移到仪器中，通过一定的方式解吸附(一般是热解吸或溶剂解吸)，然后进行分离分析。

2.土样 可用混合溶剂或含水溶剂以振荡器或索氏提取器提取，也可使用加速溶剂萃取仪提取。

3.作物样品 水果、蔬菜等含水量高的样品被打碎后：加入能与水相混溶的溶剂或混合溶剂在组织捣碎机中高速匀浆，可使溶剂与微细试样反复接触和萃取。含脂肪量高的样品，如谷物、豆类、油料作物等经粉碎后放入容器中，加入非极性或极性较小的溶剂振荡提取。对于含糖量较高的样品，一般可以加入一定量水分后再用有机溶剂提取。

4.动物组织样品对于一般量少的动物组织样品，可以在微型玻璃研磨器将组织研碎，用溶剂提取后净化；对于不易捣碎的动物组织样品，可以使用消化法，加入消化液，在沸水浴中消煮，后经稀释再进行液液分配萃取。

经典的提取器有振荡器、索氏提取器(Soxhlet apparatus)，通常也使用组织匀浆机。在捣碎样品时加入提取溶剂，将捣碎与提取操作合并进行。